Dirigió a España desde 1992 hasta 1998. Estuvo marcado por las polémicas decisiones de sustituir a los integrantes de ‘La quinta del Buitre’ por los debutantes del ‘Dream Team’ como columna vertebral de la selección. Clemente consiguió llegar hasta cuartos en el Mundial de 1994 y en la Eurocopa de 1996. En el Mundial de 1998 España cayó en fase de grupos y ya se planteaba su cesión. El 5 de Septiembre de 1998 se hizo oficial tras perder ante Chipre.
31 partidos invicto estuvo la selección dirigida por Javier Clemente. Todo un récord a esas alturas.
En la temporada 98/99 pasó por el Betis y consiguió el objetivo, que era evitar el descenso
En la siguiente temporada fichó por la Real Sociedad, consiguió buenos resultados y logró la permanencia, por lo que fue renovado. A principios de la temporada 00/01 fue cesado por los malos resultados y se fue a entrenar a Francia, concretamente al Olympique de Marsella.
Tras un fugaz paso por Francia, Clemente volvió a España y fichó por el Tenerife, para intentar lograr evitar el descenso, algo que no consiguió y fue cesado.
En la temporada 02/03 Clemente volvió a entrenar al Espanyol por tercera vez en su carrera. Consiguió la permanencia, que era el objetivo, pero a principios de la siguiente temporada fue destituido por la mala racha del equipo.
En 2005 fichó por tercera vez en su carrera por el Athletic, cogiendo al equipo último clasificado. De nuevo consiguió evitar el descenso y fue renovado, pero no llegó a dirigir al equipo ni un minuto de la siguiente temporada. El motivo fue que pidió jugadores como Gorka Iraizoz, Raúl García o Gabilondo y le trajeron a Javi Martínez (¿les suena?). Clemente dijo que Javi Martínez era un “chavalito que ni conocía”.
Posteriormente entrenó a la selección de Serbia, pero no consiguió el objetivo que era clasificarse para la Eurocopa 2008, y fue destituido.
Luego estuvo a un paso de fichar por Iran, pero el Murcia llamó a su puerta y volvió a España. No consiguió salvar al equipo esa campaña, pero a pesar de esto fue renovado para la siguiente campaña. Tras unas jornadas, y con el equipo en puestos de descenso a Segunda B, fue cesado.
Fichó por el Valladolid, de nuevo en Primera, con la intención de salvar al equipo, pero no consiguió el objetivo y, tras perder en la última jornada 4-0 en el Camp Nou, fue destituido como mánager del equipo vallisoletano.
Su último trabajo fue como seleccionador de Camerún, pero no tuvo el éxito que se esperaba. El objetivo era clasificarse para la Copa África 2012 y tras 3 partidos ganados, 2 empates y 1 derrota, Clemente fue cesado.
Ahora llega a un Sporting de Gijón que necesita salir de los puestos de abajo y afianzarse en la parte media de la tabla. Hay que recordar que tres de los últimos cinco equipos que ha entrenado han descendido a Segunda. No es buen dato, pero ha conseguido salvar a muchos equipos de los puestos de descenso en situaciones muy complicadas. Clemente es experto en estas situaciones y, sin duda, es un entrenador que lo dará todo para salvar al Sporting. Esperemos que, cuanto antes, podamos hablar de otro éxito en la historia de este entrenador de Baracaldo.